eDNA-laboratorium

eDNA-laboratorium

MoRe Research har investerat i ett ultrarent laboratorium, speciellt utformat för eDNA-extraktioner. Detta som ett led i ett samarbete mellan AquaBiota i Stockholm och MoRe Research vilket innebär att MoRe utför eDNA-extraktioner på uppdrag av AquaBiota.

eDNA har gett möjligheter att på ett helt annat sätt inventera miljön och arter genom använda banbrytande molekylära metoder för att analysera naturliga miljöer. Metoden är extra användbar då det är viktigt att upptäcka sällsynta, skygga, skadliga eller okända arter i ett ekosystem. Genom att använda olika molekylära metoder kan man från ett och samma eDNA-prov bestämma vilka växt- och djurarter som har lämnat spår efter sig.

  • Next Generation Sequencing (NGS) –metabarkodning. Denna metod har vi använt i nästan alla projekt. Från ett vattenprov kan vi få reda på vilka fiskarter, groddjursarter eller sötvattensmusslor (t.ex. flodpärnussla och olika arter av målarmusslor). Metoden är effektiv för att ta reda på vilka arter som finns i ett vattendrag samt deras dominansförhållanden i relativ biomassa.

Sammanlagt 20 projekt har utförts eller är pågående för att ta reda på fiskfaunan. Utöver det har vi utfört projekt som har tagit reda på groddjurs- och musselfaunan i vattendrag. Vi har påträffat invasiva arter så som svartmunnad smörbult och amerikansk bäckröding med denna metod. Vidare har vi fått reda på närvaron av den hotade större vattensalamandenr i flera än 50 smådammar i Uppsala län.

  • Kvantitativ PCR (qPCR) En art i taget analyseras och resultaten anger närvaro/frånvaro samt en indikation på höga eller låga mängder av en given art i ett vatttendrag. Denna metod använder vi då en art står i fokus eller då arter från metabarkodningen skall verifieras.

Vi har analyserat prov för kräftor samt större vattensalamander med denna metod. Närvaron av parasiten Schistosoma mansonii (en trematod som ger snäckfeber och är en besvärlig sjukdom i tropikerna) har undersökts i Kenya i ett eDNA forskningsprojekt där forskare från AquaBiota har deltagit.

  • eDNA-teamet på AquaBiota består av forskare, med gedigen erfarenhet från världens ledande universitet, för att utveckla och använda eDNA som inventeringsmetod i miljöövervakningen.
  • eDNA-laboratorier kräver strikta absolut rena förhållanden fria från kontaminerande DNA-sekvenser (UV-ljus, klortvätt, steril utrustning, helkroppsdräkter, luftutsug, övertyck) och gedigen erfarenhet av alla de olika steg som krävs från det att ett prov anländer till labbet, analyseras och slutligen ger resultat med artlistor och kvantiteter.
  • För följande organismgrupper har vi resultat från tidigare undersökningar av eDNA;
  • Fisk, groddjur, fågel, kräftdjur, trematoder (Bilharzia). Vi kan undersöka i stort sett vilken akvatisk art som helst som avger eDNA, men ibland krävs ett vävnadsprov och initialt genetiskt arbete. Vidare har vi det tekniska kunnandet för att analysera faunan i jordprover.                                                                 (Text hämtad från AquaBiota.)

Det nya, ultrarena laboratoriet hos MoRe som utformats speciellt för eDNA extraktioner. Micaela Hellström, som deltagit i uppbyggandet av flera eDNA-labb tidigare, har varit rådgivare vid utformningen. eDNA-extraktioner är en väldigt viktig del i hela eDNA-kedjan och laboratoriet uppfyller alla standarder för kontaminationsfria utrymmen och sköts av välutbildade och dedikerade tekniker på MoRe.

Så här fungerar en eDNA-provtagning.

Länk till AquaBiota

Kontakter AquaBiota:
Micaela Hellström, Fil. Dr. Marin Ekologi och Genetik
tel. 08 52 23 02 50, mobil: 070 782 03 10, E-post

Johan Näslund, Fil Dr Marin Ekotoxikologi
tel. 08 522 30 243, mobil 073 919 40 06, E-post

Kontakt MoRe Research:
Robert Selling, 070 522 73 99, E-post

  • Lodjursinventering

    eDNA är en utmärkt metod för att inventera lodjur! Foto: Johannes Jansson/norden.org, CC BY 2.5 dk, Länk

    Läs mer

  • Inventering med eDNA visade att sjön Båven innehåller 18 olika arter där.

    eDNA är en utmärkt teknik för att inventera sjöar.

    Läs mer

  • Spjutmo kraftverk

    eDNA ger fakta om vattenkraftens effekter på biologisk mångfald.

    Läs mer

  • Miljökonsekvensbedömningar

    eDNA ger underlag till miljökonsekvensbedömningar.

    Läs mer

  • Spår i snön

    Ny DNA metod för däggdjursinventering

    Läs mer

  • 84 fiskpopulationer!

    eDNA detekterade 84 fiskpopulationer i 10 Norrbottniska vattendrag

    Läs mer

  • Svartån

    eDNA-analyser i Svartån

    Läs mer